wsiprocessを公開しました

wsiprocessとは?

病理組織標本は、通常顕微鏡で見ることで診断を行いますが、AIのトレーニング・判定に利用されるのはこの標本をデジタル化した画像データです。これは一般にWhole Slide Image(WSI)と呼ばれます。AI病理診断の必要性が活発に議論される中、技術者でない医師にはどのようにするとAIを活用できるのかは見当もつかない状態でした。wsiprocessは、Whole Slide ImageをAIに取り込める簡単な形式に変更する際に必要な処理をパッケージ化したものです。

WSIViewerで医師もAIを作る未来へ

WSIViewerは、組織診、細胞診どちらにも対応できるよう、簡易なAIモデルを組み込んで提供され、ユーザーは自らアノテーションを行うだけでAIを自作できます。医師にも容易に扱えるよう、WSIをパッチ化するアプリ「WSIPatcher」、AIトレーニング・判定が可能なWSIの汎用ビューワー「WSIViewer」は、オープンソースソフトウェアとして公開されます。Google Cloud PlatformやAmazon Web ServiceなどのAIトレーニングサービスを利用する場合はWSIPatcherを使い、必要なパッチを用意することで、AIの現状を確認したい試用目的であればWSIViewerを利用することで、AIの作成が可能になります。

PyPIにて公開されています

wsiprocessは、pythonのライブラリとして、またコマンドラインツールとして使用することができます。インストール方法や利用方法についてはこちらを参照してください。